R-Studio може модифікувати що-небудь на диску тільки з шестнадцатиричного редактора в режимі Дозволити Запис або при явному збереженні файлу на вказаний диск. У всіх режимах при виконанні будь-якої операції R-Studio тільки читає вихідні, оброблювані дані і ніколи їх не модифікує.
У більшості операційних систем проходить деякий час між діями з файлом і зміною даних на жорсткому диску. R-Studio аналізує дані тільки на жорсткому диску і тому не завжди визначає недавні зміни в структурі даних.
Більшість операційних систем постійно записують службову інформації не жорсткі диски. Найчастіше це відбувається при включенні і виключенні комьпьютера. При видаленні файлу або папки місце, де вони були розташовані, для операційної системи стає вільним і на нього може бути щось записано. У цьому випадку файл або папка можуть бути коректно визначені, однак їх дані будуть втрачені.
Папка з ім'ям $$$ Folder58448 на розділі NTFS означає, що на диску були знайдені тільки деякі посилання на неї. Наприклад, були знайдені папки з іменами 'Мої документи', 'Робота', 'Фотографії', які мають одну батьківську папку, відомості про яку на диску знайдені не були, тому її ім'я невідоме і вона представлена як $$$ Folder58448. Можливо опис таких папок знаходиться за межами області сканування - спробуйте розширити область сканування або відскануйте весь жорсткий диск. Якщо це не допоможе, то опис папки швидше за все було перезаписано.
Папка з ім'ям $ ROOT58448 на розділі FAT означає, що були знайдені деякі папки, однак вони не можуть бути включені в структуру папок для даного розділу FAT. Іноді такі папки можуть містити інші структури папок.
Якщо ви відновили файл, але його вміст не збігається з оригінальним, спробуйте виконати наступне:
• Відскануйте:
логічний диск, якщо файл був просто знищений.
жорсткий диск, якщо структура даних пошкоджена більш серйозно.
• Виконайте пошук файлу, який ви хочете відновити, на всіх знайдених розділах і спробуйте відновити його з усіх розділів, де він був знайдений. Перевірте кожен відновлений файл, чи має він вірне вміст. Якщо вміст відновленого файлу збігається з оригінальним, то використовуйте цей розділ для відновлення інших віддалених файлів.
Якщо необхідно відновити кілька віддалених файлів, то спробуйте відновити файл розміром більше 2 КБ для вибору потрібного розділу.
Часто R-Studio знаходить кілька папок, що містять одні й ті ж дані. Такі паки називаються перехресними. R-Studio позначає такі папки значком зі стрілкою: 
R-Studio пов'язує вміст перехресних папок з одного папкою, званої папкою адресатом. При відновленні R-Studio перекладає весь вміст в папку адресат.
> З'явиться список перехресних папок
Ви можете перейти до будь-якій папці з цього списку, клацнувши по ній мишею.
* Клацніть правою кнопкою миші по перехресної папці і виберіть пункт Перейти до папки адресату контекстного меню або
Виберіть перехресну папку і виберіть пункт Перейти до папки адресату меню Файл
Якщо пункт Перейти до папки адресату неактивний, то це означає, що дана папка вже є папкою адресатом.
* Клацніть правою кнопкою миші по перехресної папці і виберіть пункт Встановити в якості основної папки контекстного меню або
Виберіть перехресну папку і виберіть пункт Встановити в якості основної папки меню Файл.
Якщо пункт Встановити в якості основної папки неактивний, то це означає, що дана папка вже є папкою адресатом.
Іноді R-Studio може знайти записи, які виглядають як папки, але мають невірне вміст. Наприклад, напевно символи в імені файлу, невірна дата, час, розмір, інші атрибути. Зверніть увагу, що R-Studio коректно розпізнає локалізовані імена. R-Studio обробляє такі записи як папки, однак не аналізує їх вміст і структуру. Ви можете відсканувати такі папки вручну, однак результати сканування можуть бути непередбачуваними (зазвичай, в результаті сканування виходять невірні дані).
R-Studio позначає такі папки знаком питання. 
* Клацніть правою кнопкою миші по недостовірної папці на панелі R-Studio і виберіть пункт Пересканіровать папку контекстного меню або
Виберіть недостовірну папку і виберіть пункт Пересканіровать папку меню Файл.
Символьні (символічні) посилання (Або симлінк) це об'єкти файлової системи, що вказують на інші об'єкти файлової системи (звані цілями посилання). Цими об'єктами як правило є папки, але можуть бути й інші об'єкти. R-Studio показує симлінк і цілі за допомогою наступних іконок (значків):
Папка, яка є симлінк: 
Об'єкт, на який посилається посилання (мета посилання): 
Ви можете знайти мета посилання або символічне посилання для об'єкта. Клацніть правою кнопкою миші по об'єкту і виберіть пункт Посилання контекстного меню.
жорсткі посилання це елементи файлової системи, що дають файлів імена. Даний термін зазвичай використовується коли файли можуть мати кілька імен. R-Studio показує жорсткі посилання за допомогою наступних іконок (значків):
Жорстка посилання: 
Файл - мета посилання: 
Ви можете знайти файл - мета посилання або жорстке посилання для файлу. Клацніть правою кнопкою миші по файлу і виберіть пункт Посилання контекстного меню.
